يتكون الهيكل التنظيمي للجامعة طبقاً لأحكام قانون رقم (1) لسنة 1375 و.ر بشأن نظام عمل المؤتمرات الشعبية واللجان الشعبية السابقة، ولائحته التنفيذية وتنفذ قرار 21 و 22 للعام 2008 للهيكل التنظيمي للجامعات من التقسيمات التالية:
- مجلس جامعة سبها
- مكتب شؤون المجلس.
- مكتب الشؤون القانونية .
- مركز المعلومات والتوثيق .
- مكتب التخطيط والمتابعة .
- مكتب تنمية الموارد الذاتية .
- مكتب الاستشارات الفنية .
- مكتب التعاون الدولي .
- مكتب المراجعة الداخلية .
- مكتب الجودة وتقييم الآداء .
- مكتب الحرس الجامعي .
- إدارة المكتبات وتضم :
- مكتب شؤون المكتبات والتوثيق .
- مكتب الطباعة والنشر والترجمة والدوريات العلمية .
- مكتب التوريد والتوزيع .
- إدارة الدراسات العليا والتدريب وتضم :
- مكتب الدراسات العليا .
- مكتب البعثات .
- مكتب المعيدين
- مكتب التدريب .
- وحدة التسجيل والقبول
- إدارة أعضاء هيئة التدريس وتضم :
- مكتب شؤون أعضاء هيئة التدريس الوطنيين .
- مكتب شؤون أعضاء هيئة التدريس غير الوطنيين .
- مكتب إسكان أعضاء هيئة التدريس .
- إدارة الشؤون الفنية والمشروعات وتضم :ـ
- إدارة المسجل العام ويتبعه :
- مكتب التسجيل والدراسة والامتحانات .
- مكتب الإسكان الطلابي والإعاشة .
- مكتب الوسائل التعليمية .
- مكتب الخدمة الاجتماعية .
- مكتب الخريجين
- اللجان الدائمة :
- لجنة أعضاء هيئة التدريس
- لجنة الدراسات العليا بالجامعة
- اللجنة الاستشارية بالجامعة
- لجنة الفنية للمطبوعات والنشر
- لجنة العطاءات
- لجنة الموظفين
- لجنة اخلاقيات البحث العلمي
- المراكز
- مركز البحوث والاستشارات
- مركز توثيق المعلومات
- مركز تقنية المعلومات
- مركز الاعلام
- مركز التدريب والتطوير
- مركز الريادة والابتكار
- مركز خدمة وتنمية المجتمع والبيئة
- مركز اللغات
- مركز التطوير المعلوماتي
21. جمعية الخريجين
22. مجلات جامعة سبها