تأسس قسم الإنتاج الحيواني في العام الجامعي 1996-1997ف، ويعد قسم الإنتاج الحيواني الركيزة الثانية للمزرعة، إلى جانب قسمي البستنة والمحاصيل، حيث يختص بدراسة الحيوانات الزراعية وكيفية إدارتها وتربيتها وتغذيتها، والرعاية الصحية لها، ونظراً لأن منطقة الجنوب من المناطق ذات العلاقة الحيوانية الكبيرة، تنتشر بها زراعة الأعلاف الخضراء بشكل واسع لذا فإن هذه المنطقة بأمس الحاجة للتعرف على التقنيات الحديثة في مجال الإنتاج الحيواني لغرض إستغلال هذه الإمكانيات بشكل علمي و إقتصادي، بالإضافة إلى ما يقدمه أعضاء هيئة التدريس بالقسم من إستشارات علمية في كافة المجالات الحيوانية لصالح تربية الحيوانات بالمنطقة.