كانت النواة الأولى التي قامت عليها الجامعة كلية التربية – فرع سبها، التي أنشئت في عام 1976م تابعة لجامعة طرابلس، وفي بداية عام 1983م صدر القرار رقم 187 لسنة 1983م من اللجنة الشعبية العامة سابقا بشأن تأسيس جامعة سبها، وجَعْلها جامعة مستقلة لِخِدْمة بلديات الجنوب الليبي.

• في البداية تم إنشاء كليتي التربية والعلوم، ثم ألحقت بهما كليات الطب البشري والزراعة والعلوم الهندسية والتقنية، والاقتصاد والمحاسبة حتى وصل عدد كليات الجامعة إلى اثنتين وعشرين كلية، موزعة على مناطق الجنوب، إضافة إلي 7 مراكز بحثية مختلفة.

• تحصلت الجامعة في عام 2020 م، على الاعتماد المؤسسي، من المركز الوطني لضمان جودة واعتماد المؤسسات التعليمية والتدريبية، وهذا  المركز أحد الركائز الرئيسية للوزارة لإصلاح وتطوير التعليم في ليبيا ؛لأنه الجهة المسؤولة عن نشر ثقافة الجودة، وتنمية وتطوير المعايير المحلية بما يواكب المعايير القياسية الدولية، لاعتماد المؤسسات التعليمية والتدريبية وتحسين مخرجاتها.